Ressources

Le Réseau Rotavirus Français

(French RotaNet)


Une surveillance moléculaire des souches de rotavirus en milieu pédiatrique avait été mise en place en prévision de la prochaine disponibilité de vaccins anti-rotavirus. Depuis 2004 et surtout l’hiver 2006 nous avons développé un réseau de surveillance épidémiologique et moléculaire des rotavirus comprenant 11 CHU de province, 3 établissements de l’Assistance Publique de Paris (hôpitaux de Saint Vincent de Paul-Necker, Robert Debré et Trousseau) et 2 CHR (Charleville-Mézières et Orléans). Depuis 2017, le CHU de Toulouse et le CHR de Cahors ont rejoint le réseau rotavirus. Ce réseau national est connecté à un plus large réseau européen, le réseau EuroRotaNet.

Carte du Réseau Rotavirus Français

Participation des CHU/CHRU de Brest, Caen, Dijon, Lille, Limoges, Lyon, Montpellier, Nantes, Paris (Necker-Enfants Malades, Robert-Debré, Armand-Trousseau), Poitiers, Rennes, Saint-Etienne, Toulouse et des CH de Cahors, Charleville-Mézières, Lille (GHICL).

Epidémiologie moléculaire des rotavirus en France


Bilan 2006-2018

Le recueil des prélèvements sur l’ensemble des saisons 2006-2007 à 2017-2018 est de 10.651 souches de rotavirus totalement ou partiellement caractérisées (figure 6a et tableau 4). Les six principales combinaisons de génotypes G/P (>1%) ont été durant ces douze années : G1P[8] (49,6%) suivie de G9P[8] (28,0%), cumulant à elles seules 77,6% des souches détectées, puis G3P[8] (7,8%) et G2P[4] (6,1%). Les autres combinaisons d’importance significative étaient G4P[8] (2,3%) et G12P[8] (1,5%). Ainsi, les six combinaisons génotypiques désormais classiques (G1P[8], G2P[4], G3P[8], G4P[8], G9P[8] et G12P[8]) représentaient 95,3% des souches caractérisées. Les génotypes ou combinaisons atypiques (incluant notamment quelques associations de génotypes G et P classiques) représentent 1,6 % et les infections mixtes 1,7%.

Distribution des combinaisons génotypiques GP des rotavirus typés de 2006 à 2018

Saison 2017-2018

L’analyse séparée des génotypes G montre une répartition des souches semblable à celle observée pour les combinaisons G/P. Les génotypes G inhabituels détectés en France en 2017-2018 ont été G8 (2 souches, 0,3%). Aucun génotype G5, G6 ou G10 (souches d’origine bovine) n’a été caractérisé durant la saison 2017-2018. Les faits marquant de cette saison 2017-2018 est : i/ la réémergence à une fréquence élevée des rotavirus de génotype G3 avec 22,3% de détection (141 souches), ii/ la persistance à une fréquence très élevée des rotavirus de génotype G9 avec 46,7% de détection (295 souches). Le génotype G12 (27 souches (4,3%)) semble retrouver un taux de circulation proche de celui constaté lors de son émergence au cours de la saison 2011-2012 après une saison 2016-2017 très en retrait (0,8%). Cette émergence du génotype G12 (associé au génotype P[8]) a été observée dans toute l’Europe mais avec des différences selon les pays. L’Espagne est le pays où cette émergence a été la plus marquée avec une fréquence >60% dans le Pays Basque.

Les génotypes P sont peu diversifiés et très largement dominés par le génotype P[8] (globalement 92,7% entre 2006-2018 et 92,7% en 2017-1018), alors que le génotype P[4] représente globalement 6,7 % entre 2006-2018 et 6,2% cette dernière saison. Ce résultat concernant le génotype P[4] est à considérer dans le suivi des effets de la vaccination (en particulier avec le vaccin Rotarix® constitué d’une souche G1P[8] atténuée). Entre 2006 et 2018, les génotypes atypiques en France étaient représentés par P[3], P[5], P[6], P[9] et P[14] ce qui représentait 112 (1,1%) souches. Durant la saison 2017-2018 nous avons détecté uniquement le génotype P[6] (7 souches) soit 1,1% des souches. La constance de la prévalence du génotype P[8] entre 2006 et 2018 est rassurante et doit être soulignée s’agissant de l’efficacité de la vaccination puisque les deux vaccins commercialisés possèdent cette valence antigénique dans leur composition.

Distribution des génotypes G et P des rotavirus typés de 2006 à 2018

Évolution des combinaisons génotypiques G/P depuis 2001

L’évolution des génotypes G/P durant cette période de surveillance est marquée par :

─ la prédominance du génotype G9P[8] : après sa brutale émergence en 2004-2005 (65,0%), sa fréquence diminuait régulièrement de 25,1% à 6,3% en 2012-2013. Sa réapparition à un taux élevé au cours des saisons 2013-2014 et 2014-15 (21,1% puis 30,9%) puis sa réémergence au cours des saisons 2015-16 et 2016-17 (66,0% et 74,1%, respectivement) et son maintien à une fréquence élevée (47,0%) soulève des questions quant à sa circulation et son évolution. Il sera important de comparer nos résultats à ceux obtenus en Europe, l’émergence brutale observée en 2004-2005 avait été un phénomène observé sur tout le continent. La réémergence des G3P[8] pourrait changer la donne lors de la prochaine saison 2018-2019.

─ Le génotype G1P[8] stable depuis plus de 10 ans a vu sa fréquence chuter avec la réémergence des G9P[8] (entre 53,0% et 73,1% entre 2005 et 2015 ; 16,8% en 2015-2016, 9,0% en 2016-2017 et 16,2% en 2017-2018). Ce phénomène a déjà été observé en 2004-2005 mais il n’avait duré qu’une seule saison. Les résultats des génotypages de la saison prochaine 2018-2019 seront à regarder de près avec soit une inversion des fréquences G1P[8] et G9P[8] comme lors de la saison 2005-2006, soit une persistance des G9P[8] à un haut niveau de prévalence, soit une chute de fréquence au profit des G3P[8] en cours de réémergence.

─ le génotype G3P[8] : jusqu’ici sa fréquence restait relativement faible avec quelques pics de détection supérieur à 20% au cours des saisons 2003-2004 et 2011-2012. La saison 2017-2018 semble marquée une réémergence de ce génotype qui sera à confirmer au cours de la prochaine saison.

─ le génotype G12P[8] : son émergence récente (4,2% en 2011-12 et 3,0% en 2012-2013) laissait penser qu’il deviendrait l’un des six génotypes importants en France. Après quelques saisons creuses (0,6% à 2,6% de détection), ce génotype a été détecté à une fréquence de 3,5% (27 souches) en 2016-2017 confirmant la persistance de la circulation des rotavirus G12 en France. La saison 2017-2018 a montré une circulation des G12P[8] similaire à celle des saisons de leur émergence. Aucune donnée ne permet actuellement de savoir s’il y aura une variation de la fréquence ou une stabilisation de la circulation des G12P[8] à ce niveau de fréquence.

─ les autres génotypes G2P[4] et G4P[8] évoluent de façon cyclique selon les saisons : G2P[4] (entre 1,6% et 17,2%) et G4P[8] (entre 0,3% et 7,3%).

─ en dehors du génotype G12P[8], décrit précédemment dans les souches dites « classiques », les génotypes atypiques sont des combinaisons incluant l’un des génotypes G6, G8, G10, P[3], P[5], P[6], P[9] et P[14]. Sur l’ensemble de l’étude, elles représentent 112 souches (1,1%) dont 7 (1,1%) en 2017-2018. Parmi ces génotypes inhabituels, le génotype P[6] est le plus important (70 souches au total dont 7 en 2016-2017). Certaines de ces souches peuvent être d’origine animale, notamment bovine et caprine. Il s’agissait pour la dernière saison de souches G12P[6] (5), G3P[6] (1) et G9P[6] (1). ─ les combinaisons atypiques, par exemple G2 associé à P[8] ou G1, G3, G4, G9 ou G12 associé à P[4] représentent 1,0% des souches détectées de 2006 à 2018 et 0,3% sur la dernière saison (2 souches G3P[4] durant la saison 2017-2018).

Evolution des combinaisons génotypiques des rotavirus typés de 2001 à 2018

Conclusion sur l'épidémiologie moléculaire des rotavirus circulants en France

La surveillance épidémiologique des souches de rotavirus a été effectuée en France en dehors de toute pression vaccinale. En effet, la couverture vaccinale ne dépasse pas, en 2018, 5% tous vaccins confondus (c.-à-d. pour les vaccins Rotarix® (monovalent, GSK) et Rotateq® (pentavalent, Merck)).

La distribution saisonnière des épidémies de gastro-entérites à rotavirus s’étale en France principalement entre décembre et avril avec de faibles variations selon les saisons. En revanche, il semble exister une différence entre les centres parisiens, où les épidémies commenceraient plus tôt, dès décembre, suivi par la province de février à avril.

Les résultats significatifs concernant la répartition des génotypes des rotavirus sont :

─ la large prédominance du génotype G1 à l’exception des saisons 2004-2005, et plus récemment, de 2015 à 2018.

─ l’émergence de nouveaux génotypes : i/ le génotype G9 est devenu, depuis la saison 2004-2005, un génotype « classique » avec G1, G2, G3 et G4. Il a réémergé depuis la saison 2015-2016 et circule encore avec une forte prévalence (47,0%); ii/ l’émergence dès la saison 2011-2012 du génotype G12, globalement moins brutale que celle du génotype G9, représentant en France environ 4% des souches avec des différences significatives selon les centres. Ce génotype semble circuler de manière régionale en France.

─ la variation cyclique des génotypes G2, G3 et G4. Le génotype G2P[4] doit cependant être plus particulièrement suivi dans les pays où la couverture vaccinale est élevée, principalement avec le vaccin monovalent. Le génotype G3P[8] semble réémerger sous l’impulsion d’une nouvelle souche G3 « equine-like » et sera à surveiller au cours de la saison suivante.

─ la stabilité de la fréquence des souches inhabituelles (notamment le génotype P[6]) et l’existence, parmi celles-ci, de souches d’origine animale infectant les enfants.

Outre cette variabilité saisonnière des génotypes, il existe une grande variabilité géographique. Variabilité selon les centres en France et quelle que soit la saison. Cette variabilité est également retrouvée au niveau des pays européens.