Ressources

Traitement des prélèvements


Modalités d’envoi des prélèvements au CNR des virus des gastro-entérites

• pour un épisode de cas groupés de gastro-entérite aïgüe : Télécharger le protocole d'envoi CAS GROUPES
• pour un cas isolé de gastro-entérite aïgüe : Télécharger le protocole d'envoi CAS ISOLES
• pour un envoi de selles dans le cadre d'un protocole de transplantation de microbiote fécal. La liste des virus recherchés a été établie en fonction des recommandations de l'ANSM, parues en mars 2014 : Télécharger le protocole d'envoi transplantation microbiote fécal.

Expédier le colis, accompagné des formulaires, à l'adresse suivante :

Centre National de Référence virus des gastro-entérites
CHU Dijon Bourgogne
Laboratoire de Biologie et Pathologie
2 rue Angélique Ducoudray
BP 37013
21070 DIJON CEDEX

Analyse des prélèvements

Une recherche systématique de norovirus est réalisée sur tout prélèvement de selles reçu au CNR dans le cadre d'une épidémie de gastroentérites. Eventuellement, selon les cas, d'autres virus sont recherchés par des techniques moléculaires : PCR, RT-PCR, PCR de typage, séquençage. Voir la liste des techniques de référence

Par ailleurs, un suivi épidémiologique est réalisé, qui implique la collecte de renseignements cliniques et épidémiologiques, tels que l'âge, le sexe, la date et le type de prélèvement, la notion de cas groupés, le lieu, l'origine présumée de l'infection...

Rendu des résultats

Pour chaque enquête épidémiologique, les résultats des analyses sont rendus :
o au laboratoire d’analyses médicales expéditeur des échantillons
o au médecin prescripteur, si les échantillons ne transitent pas par un laboratoire d’analyses médicales
o au Médecin Inspecteur de Santé Publique de l’ARS impliqué dans l’investigation, uniquement si son nom et son adresse sont clairement indiqués sur les formulaires à joindre aux prélèvements
o à Santé Public France (SPF) sur un site internet dédié, et de façon anonyme

Tarification

Lorsqu’elles entrent dans le cadre de ses diverses missions, les expertises demandées au CNR des virus des gastro-entérites sont faites à titre gracieux. Toutefois le CNR n’a en aucun cas à se substituer aux laboratoires d’analyses de biologie médicale pour exécuter gratuitement ou non des examens relevant de leurs compétences.

Identification, conservation et collection des souches

Les séquences obtenues lors des analyses sont comparées et alignées avec les séquences disponibles dans la banque de gènes Genbank en utilisant le programme FASTA version 3 disponible dans European Bioinformatics Institute EBI.
Pour les norovirus nous utilisons également des souches de référence disponibles dans les données du réseau européen de surveillance des norovirus : the Norovirus Genotyping Tool.
Nos prélèvements sont conservés en aliquotes à -40°C ou -80°C et disponibles à tous les laboratoires publics ou privés qui en feraient la demande. Par ailleurs, cette collection est utilisée pour évaluer de nouveaux réactifs commerciaux.
Notre collection de souches comprend plus de 2000 souches virales caractérisées, essentiellement norovirus et rotavirus, mais également adénovirus 40/41, astrovirus, sapovirus et virus Aichi en moindre quantité. Au total, la collection comprend la plupart des génotypes de norovirus et de rotavirus détectés chez l’homme.