Historiquement, une surveillance moléculaire des souches de rotavirus en milieu pédiatrique avait été mise en place en prévision de la prochaine disponibilité de vaccins contre rotavirus. Depuis 2004 et surtout l’hiver 2006 nous avons développé un réseau de surveillance épidémiologique et moléculaire des rotavirus comprenant de nombreux CHU et CH répartis sur le territoire. Ce réseau national est connecté à un plus large réseau européen, le réseau EuroRotaNet.
La recommandation de la vaccination contre rotavirus, suspendue en 2015, a été réintroduite dans le calendrier vaccinal par la HAS le 23 juin 2022. Les deux vaccins oraux historiques, Rotarix (GSK) et Rotateq (MSD France) qui avaient reçu l’AMM en 2006, sont désormais inscrits sur la liste des spécialités pharmaceutiques remboursables à 65% depuis fin 2022. Par conséquent, leurs utilisations, jusqu’ici quasi confidentielles avec une couverture <5% en France, pourraient désormais croître rapidement dans les prochaines années. En 2023 et 2024, 31% et 45% des nouveau-nés ont été vaccinés, respectivement. Dans sa stratégie vaccinale, la HAS recommande tout particulièrement « la poursuite de la surveillance des souches, cruciale pour documenter une éventuelle évolution de la prévalence des souches associées suite à l’introduction de la vaccination contre les infections à rotavirus ». Ce réseau s’inscrit résolument dans ces objectifs.
Vingt-quatre centres participent périodiquement à cette étude depuis 2006 et 12 centres ont pu envoyer des prélèvements pour la saison 2024-2025 : Caen, Clermont-Ferrand, Dijon, Lyon, Montpellier, Orléans, Paris, Poitiers, Rouen, Saint-Etienne, Tahiti et Tours.
Au total, nous avons analysé 17.210 prélèvements de rotavirus entre 2006 et 2025 dont 510 prélèvements pour la saison 2024-25.
Les infections à rotavirus sont saisonnières et surviennent durant les mois d’hiver. Au niveau européen, nos études avec le réseau EuroRotaNet montrent un gradient Sud-Nord et Ouest-Est avec un pic d’infections plus précoce en Espagne (décembre à février) et plus tardif (avril-mai) dans les pays du nord et de l’est de l’Europe. En France, le pic d’infections de la saison 2024-25 était légèrement décalé avec une circulation virale lentement ascendante avant de s’accélérer pour atteindre un pic en mars et avril.
Globalement, depuis le début de la surveillance des infections à rotavirus, il y a peu de différence d’une année à l’autre puisque le pic des infections a lieu en mars pour 11 (57,9%) saisons de 2006 à 2025, en février pour 4 (21,0%) saisons en 2007-08, 2016-17, 2019-20 et 2021-22, et en avril pour 4 (22,2%) saisons en 2006-07, 2018-19, 2020-21 et 2022-23. Les mois les plus importants sont février-mars-avril pour 11 saisons (2006-07, 2009-10, de 2011-12 à 2015-16, 2017-18, 2018-19, 2023-24, 2024-25), janvier-février-mars pour 6 saisons (2007-08, 2008-09, 2010-11, 2016-17, 2019-20 et 2021-22). En revanche, les mois les plus importants sont mars-avril-mai pour 2 saisons (2020-21 et 2022-23) ce qui est plus tardif que ce qu’il a été observé depuis 2006.
Le recueil des prélèvements sur l’ensemble des saisons 2006-2007 à 2024-2025 est de 17.210 prélèvements rotavirus positif dont 371 partiellement caractérisées et 465 non typables, soit 16.746 prélèvements analysés (Tableau 8). La persistance d’un nombre de souches non ou partiellement typables (2,0% depuis 2006) est liée à la très bonne sensibilité de nos méthodes de détection et ne reflète pas l’émergence de souches atypiques. La détection par PCR en temps réel, plus sensible, entraîne en effet une augmentation des prélèvements positifs dont les charges virales sont généralement trop faibles pour être typés.
Les quatre principales combinaisons de génotypes G/P ont été durant ces dix-neuf saisons : G1P[8] (35,3%) suivie de G9P[8] (26,2%), cumulant à elles seules près des deux tiers des souches détectées (61,5%), puis G3/G3eP[8] (22,8%) et G2P[4] (5,4%). Les autres combinaisons d’importance significative étaient G12P[8] (3,1%) et G4P[8] (1,7%).
è moyennes des fréquences saisonnières depuis 2006 : G1P[8]=33,7% ; G2P[4]=5,3% ; G3/G3eP[8]=25,3% ; G4P[8]=1,4% ; G9P[8]=24,6% ; G12P[8]=3,4% ; souches atypiques =2,2% ; infections multiples =1,4% ; typages partiels =2,3%)
L’analyse séparée des génotypes G montre une répartition des souches semblable à celle observée pour les combinaisons G/P. Les génotypes G inhabituels détectés en France en 2024-2025 étaient limités à deux souches d’origine bovine G6 (1 souche, 0,2%) et G8 (9 souches, 1,9%). Aucun génotype G5 ou G10 n’a été caractérisé durant cette saison.
Les faits marquant de cette saison 2024-2025 sont la forte circulation des rotavirus G3e avec une fréquence de 77,6% (363 souches), la circulation faible des rotavirus G1, G3 et G2 avec des fréquences respectives de 7,7% (36 souches), 7,3% (34 souches) et 3,4% (16 souches), et la circulation anecdotique des rotavirus G9 et G12 avec des fréquences respectives de 0,6% (3 souches) et 1,3% (6 souches).
Les génotypes P sont peu diversifiés et très largement dominés par le génotype P[8] avec globalement 92,6% entre 2006-2025 et 95,4% en 2024-25, alors que le génotype P[4] représente globalement 6,1% entre 2006-2025 et 2,3% cette dernière saison. Ce résultat concernant le génotype P[4] sera à considérer dans le suivi des effets de la vaccination depuis 2023 même si les dernières données montrent que les variations sont essentiellement dues à une fluctuation naturelle saisonnière. À noter que 7 des 16 souches G2 sont des souches G2P[8].
Variabilité géographique des génotypes de rotavirus :
Nous avions montré dans les précédents rapports qu’il existait une variabilité géographique, selon les centres. Néanmoins, nous retrouvons lors de cette saison 2024-25 une faible variabilité géographique pour les villes de métropole conséquence de la forte prévalence des souches G3eP[8] avec des fréquences de détection allant de 33,3% (Clermont-Ferrand) à 96,2% (Caen) sur la totalité des centres métropolitains ainsi qu’à Tahiti. La circulation des autres souches classiques est plus anecdotique avec quelques souches G1P[8] et G3P[8] dans 8 centres, ainsi que de rares G2P[4], G9P[8] et G12P[8] dans 2 centres. En revanche, la circulation des souches inhabituelles G2P[8] se retrouvent dans plusieurs centres : Dijon, Lyon, Orléans, Rouen et Saint-Etienne.
L’évolution des génotypes G/P durant cette période de surveillance est marquée par de grandes variations saisonnières.
La surveillance épidémiologique des souches de rotavirus a été effectuée en France en dehors de toute pression vaccinale suffisante. En effet, la couverture vaccinale reste encore faible en 2023 et 2024, où, respectivement, seuls 31% et 45% des nouveau-nés ont été vaccinés depuis la recommandation et le remboursement des vaccins contre rotavirus (Rotarix® (monovalent, GSK) et Rotateq® (pentavalent, Merck) fin 2022. Il est encore trop tôt pour observer les effets de la vaccination dans la population française, d’autant que les données de l’HAS pour 2025 ne sont pas encore disponibles.
La distribution saisonnière des épidémies de gastro-entérites à rotavirus s’étale en France principalement entre décembre et avril avec de faibles variations selon les saisons. On observe au cours de cette saison 2024-25 une hégémonie des souches G3eP[8] et l’apparition de souches inhabituelles G2P[8] et G8P[8] qui seront à surveiller.
Évolution des génotypes G/P « classiques » :
─ la prédominance du génotype G1 à l’exception de la saison 2004-05 et jusqu’à la saison 2015-16.
─ l’émergence de nouveaux génotypes :
- le génotype G9 est devenu depuis la saison 2004-05 un génotype « classique » avec G1, G2, G3 et G4. Il a réémergé au cours de la saison 2015-16. Sa circulation est devenue « confidentielle » depuis la saison 2022-23.
- le génotype G12 a émergé au cours de la saison 2011-12 mais de manière moins brutale que les G9P[8]. Ce génotype circule de manière régionale en France mais a connu une brève augmentation de sa circulation (19,9%) au cours de la saison 2019-20. Sa circulation est également « confidentielle » depuis la saison 2022-23.
- le génotype G3 equine-like (G3e) a émergé progressivement au cours de la saison 2017-18 jusqu’à devenir prépondérant au cours des dernières saisons, et représenter 4 souches sur 5 depuis la saison 2023-24.
─ la variation cyclique des génotypes G2 dont la nouvelle souche G2P[8] qui sera à surveiller lors des prochaines saisons.
─ la variation cyclique des génotypes G3 dont la réémergence au cours de la saison 2017-18 à laisser place au G3eP[8].
─ la disparition des G4 depuis plusieurs saisons.
─ la stabilité de la fréquence des souches inhabituelles (notamment le génotype P[6]) et l’existence, parmi celles-ci, de souches d’origine animale infectant les enfants.
Outre cette variabilité saisonnière des génotypes, il existe globalement une grande variabilité géographique. Variabilité selon les centres et quelle que soit la saison. Cette variabilité est également retrouvée au niveau des pays européens.
Évolution des génotypes ou combinaisons atypiques :
─ les génotypes atypiques sont les génotypes G6, G8, G10, G15, P[1], P[3], P[5], P[6], P[9], P[14], P[25] et P[41]. Sur l’ensemble de la période 2006-25, elles représentaient 210 souches (1,3%), dont 21 (4,5%) en 2024-25. Parmi ces génotypes inhabituels, le génotype P[6] est le plus important (121 souches au total). Certaines souches peuvent être d’origine animale, notamment bovine et caprine. Il s’agissait pour la dernière saison des souches suivantes : G3P[6] (6), G3P[9] (2), G3eP[6] (1), G6P[8] (1), G8P[4] (2), G8P[8] (7), G12P[6] (1) et G-UDP[19] (1). Les souches G8P[8], à l’instar des G9P[8] (2004-05) et G12P[8] (2011-12), ont un potentiel d’émergence à surveiller pour les prochaines saisons. Cette combinaison génotypique montre une adaptation des souches G8 à l’humain.
─ les combinaisons atypiques, par exemple G2 associé à P[8] ou G1, G3, G4, G9 ou G12 associés à P[4] représentaient 166 souches, soit 1,0% des souches détectées de 2006 à 2025, et 1,5% des souches avec 7 souches G2P[8] au cours de la saison 2024-25.
La surveillance épidémiologique des souches de rotavirus a été effectuée en France en dehors de toute pression vaccinale suffisante. En effet, la couverture vaccinale reste encore très faible en 2023 malgré la recommandation et le remboursement des vaccins contre rotavirus (Rotarix® (monovalent, GSK) et Rotateq® (pentavalent, Merck) en 2022. Il est encore trop tôt pour observer les effets de la vaccination dans la population française.
La distribution saisonnière des épidémies de gastro-entérites à rotavirus s’étale en France principalement entre décembre et avril avec de faibles variations selon les saisons. On observe au cours de cette saison 2023-24 une hégémonie des souches G3eP[8] et l’apparition de souches inhabituelles G2P[8] qui seront à surveiller. Depuis 2001, on observe depuis 2001 :
─ la prédominance du génotype G1 à l’exception de la saison 2004-05 et depuis la saison 2015-16.
─ l’émergence de nouveaux génotypes :
- le génotype G9 est devenu depuis la saison 2004-25 un génotype « classique » avec G1, G2, G3 et G4. Il a réémergé au cours de la saison 2015-26. Sa circulation est en nette régression depuis la saison 2022-23.
- le génotype G12 a émergé au cours de la saison 2011-12 mais de manière moins « brutale » que pour les G9P[8]. Ce génotype circule de manière régionale en France mais a connu une brève augmentation de sa circulation (19,9%) au cours de la saison 2019-20. Sa circulation est en nette régression au cours de la saison 2023-24.
- le génotype G3 equine-like (G3e) a émergé progressivement au cours de la saison 2017-18 jusqu’à devenir prépondérant au cours des dernières saisons, et représenter 4 souches sur 5 au cours de la saison 2023-24.
─ lla variation cyclique des génotypes G2 dont la nouvelle souche G2P[8] qui sera à surveiller lors des prochaines saisons.
─ la variation cyclique des génotypes G3 dont la réémergence au cours de la saison 2017-18 à laisser place au G3eP[8].
─ la disparition des G4 depuis 6 saisons consécutives.
─ la stabilité de la fréquence des souches inhabituelles (notamment le génotype P[6]) et l’existence, parmi celles-ci, de souches d’origine animale infectant les enfants.
Outre cette variabilité saisonnière des génotypes, il existe une grande variabilité géographique. Variabilité selon les centres en France et quelle que soit la saison. Cette variabilité est également retrouvée au niveau des pays européens.